U Odsjeku za carinsku politiku i slobodne zone obavljaju se poslovi iz nadležnosti Sektora (normativno-pravni, studijsko-analitički, stručno-operativni i administrativno tehnički) koji se odnose na: carinsku politiku BiH i mjere za njezinu realizaciju; izrada zakonskih i podzakonskih akata kojima se uređuje rad slobodnih zona; ujednačavanje carinskih postupaka i propisa s propisima EU; učestvovanje u pripremi spoljnotrgovinskih propisa i propisa iz oblasti poreskog sistema koji se primjenjuju u carinskoj politici; instrumente carinske i vancarinske zaštite; sporazume o saradnji s odgovarajućim međunarodnim institucijama, institucijama i državnim resorima pojedinih zemalja iz oblasti carinske politike; ovjeravanje specifikacija radi oslobađanja od plačanja carine, za projekte obnove i rekonstrukcije, u slučajevima kada je nadležno ovo ministarstvo.