U Odsjeku za spoljnotrgovinsku politiku i kontrolu i zaštitne mjere obavljaju se poslovi - osnovnih djelatnosti i to:
Poslovi upravnog rješavanja koji obuhvataju: regulativne mјere izvoza i uvoza roba i usluga; poslove vezane za režime izvoza i uvoza roba i usluga (dozvole, kvote, kontigente, detašmane i sl.); regulativne i druge aktivnosti vezane za više oblike ekonomske saradnje s inostranim partnerima (dugoročna proizvodna saradnja i speciјalizaciјa, proizvodno-tehnička i poslovna saradnja, privremeni uvoz i izvoz, doradni poslovi, lizing i sl.); provođenje propisa vezanih za zaštitu domaće proizvodnje.
Poslovi upravnog nadzora koji obuhvataju: nadzor nad zakonitošću akata iz oblasti spoljnotrgovinske politike; kontrolu primjene podzakonskih akata donesenih na osnovu Zakona o spoljnotrgovinskoj politici; kontrolu primjene legislative u BiH u oblasti veterinarske i fitosanitarne zaštite.
Normativno pravni poslovi koji obuhvataju: izradu prednacrta, nacrta i prijedloga zakona, drugih propisa i opštih akata, kao i pripremanje izmjena i dopuna propisa iz oblasti spoljnotrgovinske politike BiH i utvrđivanje mjera za njezinu realizaciju; izradu strateških dokumenata iz oblasti spoljnotrgovinske politike; izradu propisa i opštih akata iz oblasti zaštitnih mjera i vancarinske zaštite domaće proizvodnje (antidamping, kontra mjere, sigurnosne mjere); davanje stručnog mišljenja o prednacrtima, nacrtima i prijedlozima zakona, drugih propisa i opštih akata koji se odnose na spoljnotrgovinsku politiku i kontrolu; stručnu obradu sistemskih i drugih pitanja koja služe izradi zakona, drugih propisa i akata iz oblasti spoljnotrgovinske politike i kontrole; pripremanje stručnih mišljenja i objašnjenja za primjenu zakona, drugih propisa i opštih akata iz oblasti spoljnotrgovinske politike na zahtjev ili po službenoj dužnosti.
Studijsko-analitički poslovi koji obuhvataju: izradu analiza, izvještaja, informacija i drugih stručnih materijala iz oblasti spoljnotrgovinske politike; regulativne i druge aktivnosti vezane za više oblike ekonomske saradnje s inostranim partnerima (dugoročna proizvodna saradnja i speciјalizaciјa, proizvodno-tehnička i poslovna saradnja, privremeni uvoz i izvoz, doradni poslovi, lizing i sl.); stručnu obradu sistemskih rješenja od značaja za oblast spoljnotrgovinskog poslovanja.
Stručno-operativni poslovi koji obuhvataju: provođenje politike i izvršavanje zakona, drugih propisa i opštih akata i utvrđivanje stanja u oblasti spoljnotrgovinske politike; poduzimanje odgovarajućih mjera radi izvršavanja tih poslova; informisanje nadležnih organa vezano za poslove iz oblasti spoljnotrgovinske politike i nadzora; praćenje i istraživanje stanja i pojava u oblasti spoljnotrgovinske politike i nadzora i predlaganje odgovarajućih rješenja vezanih za regulativne mjere izvoza i uvoza roba i usluga; izrada kvartalnih, polugodišnjih i godišnjih izvještaja, kao i planova rada za Odsjek; saradnja s organima BiH i entiteta koji su nadležni za oblasti sigurnosti zaštite zdravlja ljudi, životinja i biljaka (sanitarna, veterinarska i fitosanitarna zaštita); regulativne i druge aktivnosti vezane za posebne spoljnotrgovinske poslove (reeksportni poslovi, kompenzacijski poslovi, barter aranžmani, svop i svič poslovi, tranzitni poslovi i sl.); regulativne i druge aktivnosti vezane za obavljanje gospodarskih aktivnosti subјekata u inostranstvu i inostranih subjekata u BiH; vancarinska zaštita domaće proizvodnje.